李建成拥有三千人直接部队，在玄武门之变发生时具体位置不明。

在玄武门之变爆发时，李建成麾下的数千兵马在东宫。李世民阵营决定发动政变解决的首要问题就是将李建成和他麾下的数千兵马分开，否则只有八百人的秦王府没有胜算。因此李世民故意在李渊面前告发李建成和李元吉“淫乱后宫”。听到秦王李世民的告发后，一时头脑发热的皇帝李渊命令太子李建成、齐王李元吉和几位宰相在清晨进宫，与李世民当面对质。在收到父皇的命令后，与二哥李世民一起上过战场的李元吉有些不太好的感觉，建议大哥李建成要么称病不去，要么多带些人马以防不测。然而李建成认为称病不去和多带些人马会让父皇认为他们“做贼心虚”，也不利于即将实施的清洗秦王府武将的计划，因此拒绝了李元吉的建议。于是李建成就这样丧失了自己最后一个翻盘的机会，他和李元吉只带着少数随从和护卫进入了李世民预先设好的埋伏中。