1664年，康熙即位后三年，杨光先再次上书，指控汤若望谋反，鼓吹“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”。恰遇当年4月京师连日地震，宫中又遭火灾，这在古代被视为上天警告，于是太皇太后谕令开释。1666年汤若望去世，1669年南怀仁上书指摘
