洪武四年（1371），明朝就开始在西藏地区陆续设置了乌斯藏、朵甘卫指挥使司以及宜慰使司元帅府、招讨司、万户府、千户所等行政机构。洪武七年升朵甘、乌斯藏二卫为都指挥司。朱元璋明确制定、明朝始终遵行的政教分离原则，改变了元朝将西藏的宗教和政治权
