理藩院对于清朝的统治有着重大意义。正如康熙帝所说：“理藩院专管外藩实务，责任重大”。秦汉至明代，中央政府管理藩属地区的机构，有典客、鸿胪卿负责接待藩属来使的朝贺，由吏部、户部、兵部分管藩属的其余事务，在中央政府并没有统一管理藩属诸事务的机构
