1607年，廷机屡遭权奸攻击，杜门不出，旋辞官归里，身无长物。万历三十四年，李廷机受皇帝赏识，入内阁，但同时也受到朝廷内外的反对，直到万历四十年(公元1611年)不得已而致仕。 1616年卒，谥“文节”，入祀学宫。著有《四书臆说》、《春秋讲
